Les îles Yapen, en indonésien Kepulauan Yapen, forment un archipel d'Indonésie qui constitue un kabupaten de la province de Papouasie, en Nouvelle-Guinée occidentale, sous le nom de kabupaten des îles Yapen, en indonésien Kabupaten Kepulauan Yapen. Son chef-lieu est Serui.
Les îles principales sont Yapen, Saweru, Ambai, Manupampi et Kaipuri.